El 21 de marzo de 1963, más de cien prisioneros y más de cuarenta guardias desaparecieron de la Isla de Alcatraz sin dejar rastro. Para cubrir la desaparición, el gobierno inventó una historia con que la prisión se cerró, debido a condiciones inseguras, y los prisioneros fueron transferidos. Mientras un joven oficial de policía de San Francisco fue encargado en transferir a los prisioneros de la isla en 1963, el agente federal Emerson Hauser7 fue uno de los primeros en descubrir que los prisioneros estaban desaparecidos. Ahora tiene una unidad secreta en el gobierno dedicada a encontrar a los prisioneros. En el presente, "los del '63" (así llaman a los guardias y prisioneros desaparecidos) comienzan a regresar, sin haber envejecido. Para ayudar a seguirlos y capturarlos, Hauser recluta a la detective Rebecca Madsen y al Dr. Diego Soto, un experto en la historia de Alcatraz. Los del '63 regresan sin recuerdos de donde han estado con compulsiones de encontrar ciertos objetos.
| Número | | | Título del Capitulo | | | Idiomas |
| S01E01 | «Piloto» |  |
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| S01E02 | «Ernest Cobb» | |
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| S01E03 | «Kit Nelson» | |
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| S01E04 | «Cal Sweeney» | |
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| S01E05 | «Guy Hastings» | |
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| S01E06 | «Paxton Petty» | |
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| S01E07 | «Johnny McKee» | |
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| S01E08 | «Los hermanos Ames» | |
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| S01E09 | «Sonny Burnett» | |
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| S01E10 | «Clarence Montgomery» | |
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| S01E11 | «Webb Porter» | |
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| S01E12 | «Garrett Stillman» | |
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| S01E13 | «Tommy Madsen» | |
